Los moluscos son eumetazoos (animales pluricelulares con una organización celular en tejidos) triblásticos (poseen una tercera hoja embrionaria, el mesoblasto), celomados (el mesodermo se ahueca en una cavidad general, llamada celoma, limitada por una pared propia), protóstomos (la boca se forma a partir del blastoporo o sobre su emplazamiento y la gastrulación se produce por embolia, salvo en los moluscos) y esquizocélicos (la diferenciación del celoma se produce por la aparición de estructuras planas que se ahuecan para dar la cavidad celómica).
Son celomados, pero el celoma se haya taponado o reducido por la abundancia de tejido conectivo. El celoma queda reducido al pericardio y las cavidades donde se abren nefridios y gónadas.
Los huevos tienen segmentación espiral y determinada. Durante el desarrollo tienen el estadio larvario, la larva trocófora (con forma de peonza), que puede dar lugar a la larva velíger, típica de moluscos.
Son animales sin metamería (organización de estructuras repetidas e idénticas, dispuestas a lo largo del eje del cuerpo) presentando puntos comunes con los anélidos como la larva trocófora y la segmentación espiral.
El cuerpo es blando y está protegido por una concha calcárea con una o más piezas. La concha es segregada en la cara dorsal del animal por los pliegues de la pared del cuerpo, el manto (o pallium). Entre el manto y el cuerpo hay una cavidad, la cavidad del manto o cavidad paleal donde se alojan las branquias.
El cuerpo está formado por tres partes:
- Región Cefálica (Cabeza): donde se sitúa la boca, de donde sale un órgano raspador, la rádula (formación quitinosa), que funciona a modo de lengua, pero que posee una serie de minúsculos dientes (dentículas) dirigidos hacia atrás que raspan y funcionan como una cinta transportadora. La rádula está rodeada por una pieza endurecida llamada odontóforo que es el responsable de la regeneración de las dentículas y en bivalvos es la estructura en la que se inserta la musculatura que mueve las valvas. En la cabeza están los órganos sensoriales.
- Masa visceral: en ella se encuentran las vísceras.
- Pie: generalmente es musculoso y locomotor.
El sistema respiratorio está constituido, generalmente, por branquias.
El sistema circulatorio consta de un corazón central del que salen vasos sanguíneos que vierten la sangre a un sistema abierto, a una serie de lagunas.
El sistema excretor está formado por metanefridios